O município de Luiz Antônio foi oficialmente criado pela Lei nº 5.121, de 31 de dezembro de 1958, entrando em vigor em 1º de janeiro de 1960.

O povoado de Luiz Antônio surgiu inicialmente com o nome de Jatahy.

De acordo com o livro Elementos para a História de Luiz Antônio, a data reconhecida como fundação do município é 13 de dezembro de 1893. Naquela época, às margens do antigo “Estradão de São Simão”, rota que atravessava a mata virgem e ligava São Simão ao Porto do Jatahy (hoje em Luiz Antônio), o farmacêutico Carlos Loyola viajava em seu carroção pelo ponto onde atualmente está a Praça Mário Junqueira.

De forma súbita, Loyola foi acometido de cegueira total. Desesperado diante do infortúnio, fez uma promessa a Santa Luzia, protetora dos olhos: se recuperasse a visão, abriria ali uma Botica para dar suporte e acolhimento aos viajantes que cruzavam aquela região ainda inóspita. O milagre veio e, fiel à sua palavra, Loyola construiu a Botica prometida. Ao seu redor, novas casas começaram a surgir, dando início ao povoamento.

Embora essa seja a data mais difundida, há indícios consistentes de que a formação de Luiz Antônio tenha ocorrido pelo menos 17 anos antes. Quando foi criada a Comarca de São Simão, em 1887, o texto oficial já incluía, em sua área de jurisdição, além da sede, as vilas de Santa Rosa de Viterbo e Vila Jatahy, atual Luiz Antônio. Isso mostra que, naquela época, já existia um núcleo populacional na região onde hoje está a fazenda Jatahy, próxima ao antigo porto fluvial do mesmo nome.